Balys Vaitkus gimė 1963. Šiuo metu yra vienas aktyviausių Lietuvos vargonininkų, puikiai pažįstamas ir užsienio klausytojams.
Muzikos studijas pradėjo Kaune, J.Naujalio muzikos gimnazijos fortepijono klasėje.
1980-1985 mokėsi Lietuvos Muzikos Akademijos (tuometinės Konservatorijos) fortepijono ir vargonų klasėse, kurias baigė su pagyrimu. Kartu jis studijavo ir giminingą instrumentą – klavesiną. 1988-1989 sekė stažuotė Prahos dailiųjų menų akademijos vargonų klasėje, o 1992-1994 – vargonų aspirantūra Lübecko aukštojoje muzikos mokykloje. Vargoninių studijų vadovai: prof. L.Digrys, doc. V.Rabas, prof. M.Haselböck.
Be to B.Vaitkus dalyvavo daugelyje aukštojo vargonų meistriškumo kursų, kuriems vadovavo žymiausi šių laikų atlikėjai: G.Bovet, M.Radulescu, P.Kee, L.F.Tagliavini ir kt.

Dar besimokydamas Lietuvos muzikos akademijoje, B.Vaitkus pradėjo aktyvią koncertinę veiklą. Nuo 1983 grojo vargonų rečitalius Lietuvoje, Latvijoje, Estijoje, Rusijoje, Ukrainoje, Lenkijoje, Čekijoje, Slovakijoje, Vokietijoje, Danijoje, Prancūzijoje bei Austrijoje, koncertavo vargoniniuose festivaliuose, kaip antai, „Naujasis vargonų judėjimas” Rusijoje, Rygos bei Talino vargonų festivaliuose, Rencontres Musical de Nantes Prancūzijoje, Wiener Festwochen Austrijoje, „Šv. Kristupo vasaros muzika” Vilniuje, Pirmajame Liepojos vargonų festivalyje.

B.Vaitkus sėkmingai dalyvavo keliuose tarptautiniuose vargonininkų konkursuose. 1989 jis laimėjo specialų prizą konkurse „Prahos pavasaris” (Čekija), 1993 – 3-iąją premiją bei Publikos prizą Gelsenkirchene (Vokietija), o 1995 – 2-ąją premiją Tarptautiniame M.K.Čiurlionio pianistų ir vargonininkų konkurse Vilniuje.

1989-1999 B.Vaitkus dirbo Lietuvos muzikos akademijos Vargonų ir klavesino katedros pedagogu.

Kaip vargonininkas bei klavesinininkas B.Vaitkus aktyviai reiškiasi įvairių kamerinių ansamblių sudėtyje, groja su chorais bei orkestrais. Su berniukų choru „Ąžuoliukas” jis koncertavo Lenkijoje bei Belgijoje, su choru „Langas” – Prancūzijoje ir Ispanijoje. Atliko vargoninių koncertų solo partijas su M.K.Čiurlionio menų gimnazijos, Lietuvos Nacionalinės Filharmonijos bei Neue Westfalische Philharmonie simfoniniais orkestrais, Lietuvos Kameriniu Orkestru, Lietuvos kariuomenės Garbės sargybos pučiamųjų orkestru. Bendradarbiauja su ansambliu Musica humana, su solistais – fleitininku A.Vizgirda, saksofonininku P.Vyšniausku, fagotininku Š.Kačionu.

B.Vaitkus dalyvavo įrašant CD „Žymieji Baltijos šalių vargonai” (ERES Edition CD 07), CD su Lietuvos Kariuomenės Garbės sargybos orkestru (LMSMBCD-014) bei su ansambliu Musica humana,  taip pat įrašinėjo Lietuvos Radijui. Jo repertuaras apima vargonų kūrybą nuo ankstyvųjų Baroko meistrų iki šiuolaikinių kompozitorių – J.Alaino, A.Schoenbergo, O.Messiaeno, lietuvių autorių kūrinių.

2009 B.Vaitkus buvo VI tarptautinio Mikaelo Tariverdijevo vargonininkų konkurso (Rusija) žiuri nariu.
2009 m. gegužės mėn. LR Kultūros ministro įsakymu B.Vaitkui suteiktas meno kūrėjo statusas.

“B.Vaitkus – bene ryškiausias akademinio vakarietiško vargonavimo atstovas Lietuvoje. (…) J.S.Bacho Pasakalija c-moll iškilo kaip didingas, vientisas, stabilus monumentas, išsyk “užkariaudama” visą Katedros erdvę. (…) Pabaigoje pagrotas J.Alaino “Trois dances” buvo laisvesnės interpretacijos akcentas. Čia natūraliai sužvilgo skaidrūs registrai, laikas nebijojo sustoti ir pasigėrėti melodijos salomis.”

Jūratė Landsbergytė “Trys vargonų muzikos vakarai…”

“Kūrinys alsavo ramybe bei energija nuo pat pradžių, o aiškios ir spalvingos Vaitkaus registruotės dėka panėšėjo į koncertą dviems orkestrams. (…) Baigiamosios Tokatos linearinė polifonija tapo puikiu vargonininko talento įrodymu.”

Björn Schröder “Reikšminga pabaiga”

“Subtiliai parinktu “senos” ir “naujos” vargonų muzikos priešpastatymu Balys Vaitkus vedė savo klausytojus įvairiausių garsų bangomis (…) Padedamas savo kolegės – asistentės, vargonininkas išgavo iš instrumento retai girdimus niuansus (…)”

U.Greber-Dierkes “Virtuozas už vargonų pulto”

“A.Rousselio siuitą “Grojantys fleita” – rafinuotą, kupiną egzotizmų, aitrokos harmonijos, ritmų žaismo, – A.Vizgirdos ir B.Vaitkaus duetas perteikė su išraiškos saiku, maksimaliai apibendrinant jos turinį.”

V.Zalatoris “Sodrūs štrichai fleitininko sukakčiai”

Vargonininkas Balys Vaitkus neseniai dalyvavo tarptautiniame Maxo Regerio festivalyje Vokietijoje. Gelzenkircheno senamiesčio bažnyčioje jis atliko tris didingus vokiečių kompozitoriaus Maxo Regerio opusus. Atlikėjo pasirodymas sulaukė šiltų publikos ir vokiečių kritikų vertinimų. Kitą dieną pasirodė atsiliepimai Vokietijos spaudoje. Su pora iš jų siūlome susipažinti ir mūsų skaitytojams. "Nuskambėjo puikiai nušlifuoti deimančiukai, jų vertė ir grožis atsiskleidė būtent gretinant juos vieną su kitu. Šiuos bet kurias bažnytines apeigas papuošti galinčius choralus B. Vaitkus grojo ypač jautriai ir spalvingai, išryškindamas galingojo instrumento privalumus", – skaitome muzikos kritiko Michaelio Beste’s recenzijoje. "Westdeutsche Allgemeine Zeitung" rašė: "Genialu – tai žodis, tinkantis ir Maxo Regerio Introdukcijai, pasakalijai ir fugai e-moll, op. 127, ir šiandieniniam jos atlikėjui. Lietuvių vargonininkas Balys Vaitkus, prieš dešimtmetį tapęs tarptautinio Gelzenkircheno konkurso prizininku, ypač pagirtinai atliko šį kadaise nepagrojamu laikytą kūrinį. Žymiojo Liubeko ir Vienos profesoriaus Martino Haselböcko auklėtinis B. Vaitkus – ne besaikio patoso menininkas. Regerio kūrinius jis interpretuoja kaip kontrapunktinės stilistikos viršūnę. Jis meistriškai, rodos, be jokių pastangų įveikia visus techninius sunkumus. Monumentali, chromatiškai tirštėjanti dviguba fuga, op. 127, su elegantiškais šuoliais per visus tris manualus, ištisai gaudžiant pedalams, buvo atlikta tiksliai, aiškiai ir skaidriai. B. Vaitkaus atliekami choralai – tarsi pasivaikščiojimas po harmonijos landšaftus ir giesmių literatūros lobynus: iškilmingi, bet drauge ir kuklūs, iš naujo spalvingai išpuošti senųjų Regerio melodijų giedojimai."

Žvilgsnis į Maxo Regerio kūrybą, 7 meno dienos, 2004 06 11

Festivalis „Vargonų vasara 2008“ prasidėjo kiek neįprasta ekskursija, kurios metu Nidos evangelikų liuteronų bažnyčios balkone klausytojai galėjo iš arti susipažinti su itin sudėtingu muzikos instrumentu, išsiaiškinti, kaip sudaromos vargonų registrų spalvos, kaip dirba vargonininkas ruošdamasis atlikti įvairius muzikos kūrinius. Du patyrę skirtingų kartų vargonininkai Bernardas Vasiliauskas ir Balys Vaitkus atskleidė ne vieną šio puikaus instrumento paslaptį.

Nidoje – festivalis „Vargonų vasara“, 7 meno dienos, 2008 06 27

Koncertui rimties ir sakralumo pridėjo puikus Balio Vaitkaus vargonavimas. Kuklūs, prastos būklės kameriški vargonai tarsi sušvito, prisilietus meistrui, radusiam juose įdomią tembrinę skalę.

Jūratė Katinaitė, "Atspindžiai praeities šuliniuos", Literatūra ir menas, 2009 07 31

B.Vaitkaus koncertas paliko nepaprastą įspūdį. Artistas ypač subtiliai pajautė V.A.Mocarto stilių. Austrijoje ar Vokietijoje toks koncertas būtų sensacija.

Daiva Kšanienė, Klaipėda, 2005 07 12